Pantheon được tạo ra theo lệnh của Vua Ferdinand II của Bồ Đào Nha, biến khu ăn uống cũ của tu viện thành nơi chôn cất như ngày nay. Phần lớn các ngôi mộ nằm ở hai bên của đền thờ, và những ngôi mộ được thiết kế dưới dạng các hộp đá cẩm thạch đơn giản, với mỗi cụm là bốn ngôi mộ. Nếu mộ của vua chúa thì bên hông mộ có vương miện chạm khắc bằng vàng và trên cùng là một vương miện đặt phía trên đỉnh mộ. Những ngôi mộ ở lối đi giữa của đền thờ là của Carlos I của Bồ Đào Nha, Luís Filipe, Hoàng tử Hoàng gia Bồ Đào Nha, Manuel II của Bồ Đào Nha và Vương hậu Amélie xứ Orléans; hai vị tử vì đạo của vụ Ám sát Lisbon, vị vua cuối cùng của Bồ Đào Nha và hoàng hậu cuối cùng của Bồ Đào Nha.